בינואר 1943 נשלח הרב בק לגטו טרזיינשטט,
יחד עם מלומדים גדולים מארצות אירופה, ליאו בק העביר הרצאות בנושאים שונים
כגון ספרות, היסטוריה, כלכלה, אסטרונומיה, משפטים ופילוסופיה.
אסירים רבים בגטו היו נדחקים לחדרון קטן כדי לשמוע את הרצאותיו
ודמותו של בק היוותה להם את התגלמות דמות הרב והאדם שבידו הכוח לנחם.
בתוך מצוקת חיי הגטו ליאו בק היווה את הסמכות המוסרית
והוביל את התפילות בגטו בכל מקום ובכל שעה על פי בקשת המתפללים.

עם הקמת היודנראט, עלתה בפניו דילמת שיתוף הפעולה עם הנאצים.
בתחילה בק קבע לעצמו עיקרון שלא לקבל שום מינוי מהנאצים ולא לעשות דבר שיוכל לסייע להם.
אך כשעלתה שאלת איסוף יהודים לגירוש בידי יהודים,
בק בחר לקבל את המינוי כדי לנהוג בעדינות כלפי המגורשים ולסייע להם.
יש שמתחו ביקורת על פועלו זה,
במיוחד נטען כלפיו כי הרב בק דאג להרגיע את שומעי לקחו תוך הטעייתם
והסתרת האמת המרה המצפה להם באושוויץ – יעד משלוחם.
הוא טען שכיוון שממילא לא הייתה כל אפשרות להתחמק מהמשלוחים
אין טעם ביצירת חרדה ומצוקה נפשית מתמדת בקרב התושבים בגטו.